Историята на Судоку датира още през 18-ти век под формата на шведска математическа игра наречена "магически квадрати", а някои от първите пъзели с числа които са публикувани във вестник се появяват във Франция през 1895 година. Модерното судоку обаче, което играем и досега, е измислено от Хауърд Гарнс, който се занимава със създаване на пъзели, и публикува играта в Америка през 1987 година в списанията "Dell Pencil Puzzles" и "Word Games". Пъзела бил известен под името "Мястото на числото" и е трябвало да се поставят индивидуални числа в празните пространства на решетка от 9 реда и 9 колони.
Играта за първи път се появява във Япония през 1984 година когато и е било дадено и името Судоку. Името е съкратено от по-дългия японски израз - “Sūji wa dokushin ni kagiru” - което означава едно цифрен или единствен. Судоку започва да става много популярна в Япония, където хората купуват 600,000 Судоку списания за месец.
Една от причините Судоку пъзелите да станат толкова харесвани в Япония е защото японския език не е много подходящ за кръстословици. Така че пъзелите с числа са много по-успешни в японската култура. Другата причина хората в Япония да харесват толкова много пъзелите, е че там милиони хора пътуват ежедневно с влак или автобус, на дълги разстояния, и това е начин да убият времето докато стигнат до тяхната спирка.
Човекът, който представя отново Судоку на западния свят, е Уейн Гулд който е съдия от Нова Зеландия. Той е бил на ваканция в Токио през Март 1997 където открива Судоку в магазина за вестници. Той бързо се отдава на играта Судоку и прекарва следващите шест години в създаването на компютърна програма която да генерира Судоку пъзели.
Вестника "Times" в Лондон започва публикуването на Судоку пъзели през 2004, а първия Американски вестник който го промотира е "Conway (New Hampshire) Daily Sun" през 2004. В следващите 10 години Судоку става глобален феномен. Първият шампионат по Судоку е в Италия през 2006, а през 2013 година се организира световен шампионат по Судоку проведен в Пекин.
Защо Судоку ни говори в днешния забързан свят? Една възможна причина е това че Судоку създава чувство за ред и има нещо много задоволително в това да попълниш празните квадрати в Судоку решетката. Друга причина е че правилата са прости и лесни за учене - хора от всички възрасти могат да играят Судоку и в повечето случаи се научават изключително бързо как да боравят с пъзела. Судоку е игра която е лесна за разпространение в глобален мащаб, защото е базирана на числа и не изисква никакъв превод.
Докато хората обичат да тестват мозъците си със забавни и предизвикателни логически пъзели, Судоку ще е неизменна част от живота на милиони хора по света.